波音747-400：在-300型的基础上进行了较大的改进，属于第二代波音747。在1985年正式启动747-400计划，安装了新型电子仪表设备，只需两位飞行员驾驶，数字化驾驶舱配备了六台大型CRT显示屏取代了传统的仪表盘。外形上机翼翼尖加长1.83米，并加装了1.83米高的翼梢小翼，减少阻力，可增大航程3%，航程达到12970公里。翼梢小翼也是其外形上与-300型的一个明显区别。使用先进铝合金，使机翼和起落架共减重3.5吨，在水平安定面增设油箱。双人制驾驶舱，使用数字式航空电子仪表和彩色多功能显示器。1988年4月29日首飞，1989年2月9日交付美国西北航空公司投入使用。747-400与以往的747机型相比，航程更远、燃油效率更高，而且噪声和运营成本也更低。1990年5月起除波音747-400型外波音747其他型号均已停产。

　　波音747-400：最常见的标准型号。　

　　波音747-400D（Domestic）：-400型的高容量客运型，客舱可载客568名，此机型是特别为日本国内航线设计。该型机没有一般-400型都有的翼梢小翼，上层客舱每侧各增加5个舷窗。1991年10月获适航证书，共交付19架。　

　　波音747-400 Combi：-400型的客货混合型，可在全客运机、客货混合之间进行转换。　　

　　波音747-400F：-400型的全货运机型，缩短了上层客舱，与747-200F类似。　

　　波音747-400BCF（Boeing Converted Freighter）：又称为B747-400SF(Special Freighter)。是针对不断增加的空运需求，对747-400客机改装为全货机构型，波音在获得国泰航空公司6架确认订单后，在2004年1月27日启动该计划，并授权厦门太古飞机工程公司进行改装任务。首架747-400BCF于2005年12月19日正式交付国泰航空。